Comment obtenir un congé longue maladie pour dépression dans la fonction publique ?

Le congé de longue maladie (CLM) est une période d’absence accordée à un agent public dont l’état de santé ne permet plus de travailler normalement et impose des soins prolongés. Pour une dépression, l’accès à ce congé ne dépend pas du seul diagnostic : l’administration examine la gravité, l’incapacité professionnelle et le besoin de traitement. La démarche commence par un médecin, puis passe par l’administration et le conseil médical. Reste à distinguer le CLM du congé de longue durée, à sécuriser le dossier médical et à anticiper la rémunération.

La dépression remplit-elle les conditions du CLM ?

Le diagnostic de dépression ne suffit pas, à lui seul, à obtenir un congé de longue maladie. Le CLM vise une maladie qui rend l’agent incapable d’exercer ses fonctions, présente une gravité confirmée et exige un traitement ou des soins prolongés. Le dossier doit donc décrire les conséquences concrètes sur le travail : impossibilité de tenir le poste, troubles importants de la concentration, épuisement, anxiété sévère ou incapacité à assurer les tâches essentielles.

La dépression figure parmi les troubles pouvant relever d’une maladie mentale. Selon son évolution, elle peut conduire vers un CLM ou vers un congé de longue durée (CLD). Le CLD est prévu pour certaines maladies limitativement énumérées, dont la maladie mentale, et peut atteindre 5 ans. Le CLM reste plafonné à 3 ans pour la même affection. Le choix entre les deux dispositifs dépend de l’évaluation médicale et de la procédure suivie, pas d’une demande formulée uniquement par l’agent.

Comment déposer la demande auprès de l’administration ?

Le médecin traitant ou le psychiatre prescrit d’abord un arrêt de travail lorsque l’état de santé le justifie. La demande de CLM peut être engagée pendant cet arrêt, y compris lorsque l’agent se trouve encore en congé de maladie ordinaire. Le médecin prépare un certificat médical destiné au conseil médical ; le diagnostic détaillé n’a pas à être communiqué à la hiérarchie, car le secret médical s’applique.

1. Consultez un médecin et expliquez précisément les difficultés qui empêchent l’exercice des fonctions.
2. Demandez que la nécessité de soins prolongés et l’incapacité professionnelle soient établies dans le certificat destiné à l’instruction médicale.
3. Adressez à l’autorité ayant le pouvoir de nomination une demande écrite de placement en CLM, avec les pièces médicales sous pli confidentiel lorsque cette modalité est prévue par votre administration.
4. Répondez aux convocations du médecin agréé ou du conseil médical, car une expertise peut être demandée pour apprécier la situation.
5. Attendez la décision administrative, qui intervient après l’avis du conseil médical.

L’administration saisit le conseil médical et ne transmet pas à la hiérarchie le contenu intime du dossier médical. Le conseil médical rend un avis ; l’administration conserve le pouvoir de décision. Le congé est ensuite accordé par périodes, généralement de 3 à 6 mois, avec un examen de la situation lors des renouvellements. Un refus doit être contesté avec attention, en vérifiant la motivation de la décision et les voies de recours indiquées.

Combien de temps peut durer le congé longue maladie ?

La durée maximale du CLM est de 3 ans pour une même affection. Le congé n’est pas attribué en une seule fois pour toute cette période : les renouvellements permettent de vérifier si l’état de santé justifie encore l’absence. Une reprise, une prolongation, un reclassement ou une mise en disponibilité peuvent être envisagés selon l’évolution médicale.

Le CLM et le CLD ne se cumulent pas comme deux compteurs indépendants. Un placement rétroactif peut modifier la qualification d’une période déjà passée, ce qui peut avoir une incidence sur la rémunération et les primes. Lorsque les droits à congé arrivent à leur terme et que le conseil médical n’a pas encore statué, un fonctionnaire peut être placé provisoirement en disponibilité pour raison de santé et percevoir une indemnité d’attente correspondant à la rémunération qu’il percevait à la fin de son congé.

Quelle rémunération pendant un CLM pour dépression ?

Pour un fonctionnaire de l’État, le traitement indiciaire est maintenu à 100 % pendant la première année du CLM, puis à 60 % pendant les deuxième et troisième années. Les primes et indemnités maintenues sont versées à hauteur de 33 % pendant la première année, puis de 60 % pendant les deux années suivantes. Le supplément familial de traitement et l’indemnité de résidence restent intégralement maintenus lorsque l’agent y a droit.

La nouvelle bonification indiciaire, lorsqu’elle est maintenue parce que l’agent n’est pas remplacé dans ses fonctions, suit le traitement : 100 % la première année, puis 60 %. Ces règles précises concernent la fonction publique de l’État. Dans la fonction publique territoriale et la fonction publique hospitalière, les modalités de rémunération et de maintien des primes doivent être vérifiées selon le versant et les textes applicables. Le délai de carence d’un jour ne s’applique pas au CLM, au CLD ni au congé de grave maladie.

Exemple pour un agent de l’État : avec un traitement indiciaire mensuel de 2 400 €, le traitement reste de 2 400 € pendant la première année, puis passe à 1 440 € à 60 % pendant les deuxième et troisième années. Une prime de 300 € entrant dans l’assiette de maintien représente 99 € à 33 % la première année, puis 180 € à 60 % les années suivantes. Les éléments de rémunération liés à une activité effectivement réalisée pendant le congé ne sont pas automatiquement maintenus.

Que change le statut de contractuel ou l’origine professionnelle ?

Un agent contractuel de droit public ne bénéficie pas du CLM des fonctionnaires. Il peut relever du congé de grave maladie, à condition de justifier de 4 mois de services continus et de remplir les critères médicaux liés à la gravité, à l’incapacité de travailler et aux soins prolongés. Sans cette ancienneté, le congé de maladie peut être non rémunéré par l’employeur public, tandis que des indemnités journalières peuvent être versées par la caisse d’assurance maladie selon les conditions du régime général.

Lorsque la dépression est liée au travail, il faut distinguer la demande de congé et la reconnaissance de l’origine professionnelle. Le CLM peut être demandé sans attendre qu’une maladie professionnelle soit reconnue. En revanche, une démarche spécifique peut être engagée auprès de l’administration pour faire reconnaître une maladie imputable au service, avec une instruction médicale et administrative distincte. Conservez les certificats, les arrêts, les échanges professionnels et les éléments décrivant la dégradation des conditions de travail, sans transmettre de données médicales à des collègues ou à la hiérarchie.

Quelles règles respecter pendant l’arrêt et pour reprendre ?

Depuis le 1er septembre 2026, l’arrêt de travail des agents publics repose sur un formulaire sécurisé établi par le prescripteur. La prescription est plafonnée à 1 mois pour un premier arrêt, puis à 2 mois pour une prolongation, sauf dérogation motivée par la situation médicale. Le maintien de la rémunération lors d’une prolongation est poursuivi lorsque l’arrêt est établi par le prescripteur initial, sauf impossibilité de le consulter ou indisponibilité.

L’employeur peut organiser un contrôle de présence lorsque l’arrêt prévoit une obligation de rester au domicile. Un refus de contrôle ou une absence injustifiée peut entraîner la suspension de la rémunération. Les règles de contrôle ne remplacent pas l’examen du conseil médical, qui reste compétent pour les décisions liées au CLM et à l’aptitude à reprendre. Vous pouvez consulter notre page sur le contrôle d’arrêt maladie pour distinguer le contrôle administratif de l’évaluation médicale.

La reprise peut être complète, précédée d’un temps partiel thérapeutique ou accompagnée d’un aménagement du poste. Depuis le 1er août 2026, une demande de temps partiel thérapeutique peut être autorisée pour une durée allant jusqu’à 1 an sans périodicité obligatoire. Après un congé maladie long, sa mise en place intervient sans délai lorsque les conditions sont réunies ; l’employeur dispose sinon d’un délai maximal de 30 jours pour statuer sur la demande.

Questions fréquentes

Comment avoir un arrêt maladie pour dépression ?

Un médecin traitant ou un psychiatre évalue l’état de santé et peut prescrire un arrêt si la dépression empêche l’exercice du travail. Le document remis à l’employeur indique l’arrêt et sa durée, pas le diagnostic détaillé. La demande de CLM est une démarche distincte, instruite ensuite par l’administration et le conseil médical.

Le médecin du travail peut-il accorder un CLM ?

Non. Le médecin du travail ou le médecin de prévention ne prend pas la décision de placement en CLM. Il peut contribuer à préparer la reprise, proposer un aménagement et apprécier la compatibilité du poste avec l’état de santé.

Un fonctionnaire peut-il être placé en congé maladie d’office ?

Oui, une procédure d’office peut être engagée lorsque l’administration estime que l’état de santé de l’agent nécessite un examen médical. L’agent doit alors se soumettre aux expertises demandées et peut présenter des observations dans le cadre de la procédure. La décision ne repose pas sur une simple appréciation du supérieur hiérarchique.

La dépression donne-t-elle automatiquement droit au CLD ?

Non. La maladie mentale peut relever du CLD, mais le placement dépend de la situation médicale et de l’avis du conseil médical. Une dépression peut aussi être traitée dans le cadre d’un CLM lorsque les conditions de ce congé sont réunies.

Les agents contractuels peuvent-ils demander un CLM ?

Non, le CLM concerne les fonctionnaires. L’agent contractuel relève du congé de grave maladie, avec une condition de 4 mois de services continus et une durée maximale de 3 ans lorsque les critères médicaux sont remplis.

Que faire si le conseil médical tarde à se prononcer ?

À l’expiration des droits à congé pour raison de santé, le fonctionnaire peut être placé provisoirement en disponibilité pour raison de santé. Une indemnité correspondant à la rémunération perçue à la fin du congé peut alors être versée jusqu’à la décision administrative, sous réserve de se soumettre aux expertises demandées.

Sources

Sources consultées le 11 octobre 2026.

Informations vérifiées à cette date ; des évolutions ultérieures sont possibles. Vérifiez auprès de la source officielle.

1. Congés pour raison de santé | Le portail de la fonction publique, www.fonction-publique.gouv.fr/etre-agent-public/ma-protection-sociale/conges-pour-raison-de-sante
2. www.fonction-publique.gouv.fr/toutes-les-actualites/arrets-de-travail-pour-raisons-de-sante-temps-partiel-therapeutique-de-nouvelles-regles-sappliquent-dans-la-fonction-publique
3. www.cnracl.retraites.fr/actif/ma-situation-change/les-conges-maladie/le-conge-de-longue-maladie-clm
4. www.cnracl.retraites.fr/actif/ma-situation-change/invalidite/les-conges-maladie/le-conge-de-longue-duree-cld